Nach dem Studium der Architektur an der Technischen Hochschule Darmstadt stieg Jürgen Seeberger 1986 in das väterliche Architekturbüro in Erlangen ein und führte nach dem Tod des Vaters – fünf Jahre später – allein die Geschäfte. Der Bau von Wohnungen und Büro- sowie Bankgebäuden von der Planung bis einschließlich Bauleitung bildeten den Schwerpunkt seiner Arbeit. Für Dritte entwickelten er und sein Team Projekte mit einem Bauvolumen von mehr als 400 Millionen Euro. 

1995 gründete Jürgen Seeberger zusammen mit Wolfgang Dippold die PROJECT Bauträger GmbH und heutige PROJECT Beteiligungen AG. Im Jahr 1998 gründeten beide die heutige PROJECT Real Estate AG als Konzerngesellschaft für die Entwicklung von Immobilienprojekten. 

Jürgen Seeberger ist verheiratet und Vater zweier Söhne. Zu seiner Lebensphilosophie gehört auch soziales Engagement. Die 2007 ins Leben gerufene PROJECT Life Stiftung unterstützt gemeinnützige Organisationen und förderungswürdige Hilfsprojekte, vorwiegend an den Standorten der Immobilienaktivitäten. In den vergangenen Jahren leitete Jürgen Seeberger die PROJECT Immobilien Gruppe als exklusiven Asset Manager der PROJECT Investment Gruppe. Mit Ende des Jahres 2017 haben beide Gründer wie geplant ihre operativen Aufgaben abgegeben.